พระธุตังคเจดีย์ได้สร้างตามแบบที่ท่านพ่อลีกำหนดไว้ทุกปราการ คือ เจดีย์หมู่รวมเจดีย์ 13 องค์ เป็นสัญลักษณ์แห่ง "ธุดงควัตร 13 ข้อ" ตั้งอยู่บนพื้นที่สี่เหลี่ยมจตุรัส ชันบนตรงกลางเป็นพระเจดีย์ใหญ่ ซึ่งเป็นองค์ประธาน พระเจดีย์ทุกองค์มีพระบรมสารีริกธาตุบรรจุไว้ในผอบทอง เงิน นาก พระเจดีย์องค์ประธานล้อมรอบ ด้วยบริวาร 3 ชั้น ชั้นละ 4 องค์ มีความหมายถึง สมาธิจิต เมื่อเป็นตามอรนิยมรรคโดยถูกต้องครบถ้วนแล้วจุเกิดญาณหยั่งรู้สังขารทั้งปวงตามความเป็นจริง พระธุตังคเจดีย์ มีฐานสี่เหลี่ยมเปรียบด้วยมหาสติปัฎฐาน 4 กว้าง 3 วา หมายถึง ไตรสิกขา สูง 13 วา หมายถึง ธุดงควัตร 13 ประการ เมื่อมองประสานตรง ๆ จะเห็นเจดีย์ล้อมวงเป็นคู่ หมายถึง พระธรรมกับพระวินัย อันเป็นหลักของพระพุทธศาสนา แต่ถ้าดูแนวเฉียงจะได้พระเจดีย์ 7 องค์ หมายถึง โพชฌงค์ 7 ประการ พระธุตังคเจดีย์ เป็นเจดีย์หมู่ 13 องค์ 3 ชั้น แห่งเดียวในประเทศไทยที่เป็นสัญลักษณ์และมีความหมายใน ธุดงควัตร 13 ข้อ ในพระพุทธสาสนาของกรรมฐาน พระพุทธเจ้าตรัสไว้เพื่อพวกเราทั้งหลายปฏิบัติ เพื่อสละโลกามิส ไม่ติดอยู่ในบ่วงของโลก คือ บุตร ภรรยา สามี ทรัพย์สมบัติ ยศศักดิ์ ชื่อเสียง อันเป็นเครื่องยึดถือ หน่วงเหนี่ยวใจให้หลงทาง และก็ทะนงตนว่าสมบุรณ์ ฉลาดดี การปฏิบัติธุดงค์ ต้องไม่อาลัยเสียดายในชีวิต ต้องปฏิบัติให้ถึงความสำเร็จเพียงเท่านั้นเป็นที่หมาย ต้องมีสัจจะ และมีปัญญาในการเลือกปฏิบัติ เราไม่ต้องปฏิบัติทั้งหมด แต่เลือกเฉพาะข้อที่เห็นว่าเหมาะแก่กาล สถานที่ บุคคล และประกอบไปด้วยประโยชน์ ข้อปฏิบัตินี้ ดับความขี้เกียจได้ชะงัดนัก ตัดเครื่องผูกพันใจ เนื่องในความสุขในการนอน สุข ในการเอกเขนก สุขในความหลับ เมื่อไม่นอนย่อมสะดวกในการประกอบกรรมฐานทั้งปวง มีอิริยาบถอันนำมาซึ่งความเลื่อมใส เหมาะสมที่จะทำความเพียร และความเพียรเพิ่มพูนดี ธุดงควัตร 13 ข้อ 1. การสมาทานผ้าบังสุกุลเป็นวัตร 2. การสมาทานธุดงค์ด้วยการถือใช้ผ้าเพียงสามผืนเป็นวัตร 3. การสมาทานบิณฑบาตเป็นวัตร 4. การเที่ยวไปบิณฑบาตลำดับเรือนเป็นวัตร 5. การสมาทานถือธุดงค์การฉันอาสนะเดียวเป็นวัตร 6. การสมาทานฉันเฉพาะอาหารในบาตรเป็นวัตร 7. การสมาทานไม่รับภัตรที่นำมาส่งทีหลังเป็นวัตร 8. การสมาทานอยู่ป่าเป็นวัตร 9. การสมาทานอยู่รุกขมูลโคนไม้เป็นวัตร 10. การสมาทานถืออยู่กลางแจ้งเป็นวัตร 11. การสมาทานอยู่ในป่าช้าเป็นวัตร 12. การสมาทานยินดีในเสนาสนะที่ถูกจัดให้เป็นวัตร 13. การสมาทานไม่นอนเป็นวัตร พระธุตังคเจดีย์ พระธุตังคเจดีย์ พระเจดีย์หมู่ 13 องค์บรรจุพระบรมสารีริกธาตุ สร้างเมื่อ พ.ศ.2500 อุทิศเป็นอาจาริยานุสรณ์ท่านพ่อลี เจดีย์ 13 องค์ เป็นนัยแห่งธรรม กล่าวคือ ธุดงค์ 13 องค์คุณ เครื่องกำจัดกิเลสส่งเสริมความมักน้อย สันโดษข้อปฏิบัติประเภทวัตรที่ผู้สมัครใจพึงสมาทานประพฤติได้มีดังนี้ หมวดที่ 1 จีวรปฏิสังยุตต์ (1) ถือใช้แต่ผ้าบังสุกุล (2) ใช้ผ้าเหลือง 3 ผืน หมวดที่ 2 บิณฑปาตปฏิสังยุตต์ (3) เที่ยวบิณฑบาตเป็นประจำ (4) บิณฑบาตตามลำดับบ้าน (5) ฉันมือเดียว (6) ฉันเฉพาะในบาต (7)ลงมือฉันแล้วไม่ยอมรับเพิ่ม หมวดที่ 3 เสนาสนปฏิสังยุตต์ (8) ถืออยู่ป่า (9) อยู่โคนต้นไม้ (10) อยู่กางแจ้ง (11) อยู่ป่าช้า (12) อยู่ในที่แล้วแต่จัดให้ หมวดที่ 4 วิริยปฏิสังยุตต์ เกี่ยวกับความเพียร (13) คือ นั่งอย่างเดียวไม่นอน เจดีย์ประธานอยู่ตรงกลางขนาดใหญ่ได้บรรจุพระบรมสารีริกธาตุโดยพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดชและสมเด็จพระนางเจ้าฯ พระบรมราชินีนาถ ทรงเสด็จเป็นองค์ประธานในการบรรจุเมื่อวันที่ 4 มิถุนายน พ.ศ.2509 ปัจจุบันได้ปฏิสังขรณ์ขึ้นใหม่ เริ่มตั้งแต่ปี พ.ศ.2546 มาจนเสร็จ โดยพระธรรมวิสุทธิกมล (หลวงตามหาบัว ญาณสัมปันโน) เป็นองค์อุปถัมป์สร้าง และบรรจุพระธาตุพระอรหันต์ 26 องค์ พร้อมแสดงพระธรรมเทศนา และรับผ้าป่าสงเคราะห์โลกในงานเฉลิมฉลองโดยมีศาสตราจารย์ ดร.สมเด็จพระเจ้าลูกเธอเจ้าฟ้าจุฬาภรณวลัยลักษณ์ อัคราชกุมารี เสด็จทรงเป็นประธานบรรจุพระบรมสารีริกธาตุ ในวันอาทิตย์ที่ 27 เมษายน 2251 ประวัติความเป็นมาของพระธุตังคเจดีย์ ด้วยมโนปณิธานมุ่งมั่นแน่วแน่ในทางพระพุทธสาสนา และด้วยกำลังแห่งญาณหยั่งทราบเหตุการณ์บางอย่างในอดีตชาติ ปีพุทธศักราช 2482 ท่านพ่อลี ธมฺมธโร จึงตัดสินใจธุดงค์ไปยังประเทศอินเดียโดยผ่านทางประเทศพม่า เมื่อถึงอินเดียท่านได้เดินทางเที่ยวชม และพิจารณาสังเวชนียสถานตามตำบลต่าง ๆ ท่านรู้สึกสลดใจยิ่งนัก พระพุทธสาสนาเสื่อมสูญไปอย่างมาก ร่องรอยอารยธรรมอันประเสริฐอันเป็นทิฏฐานุคติ เหลือเพียงน้อยนิด พระสงฆ์ก็สุดที่จะย่อหย่อนในพระธรรมวินัย หลักฐานแห่งพระพุทธศาสนาอันยิ่งใหญ่เหลือเพียงศิลาจารึกของพระเจ้าอโสกมหาราชพอเป็นแนวทางให้ค้นคว้าและรำลึก ปีพุทธศักราช 2493 ท่านพ่อลี ธมฺมธโร ได้จาริกตามรอยบาทพระศาสดาไปยังดินแดนพุทธภูมิ ประเทศอินเดียเป็นครั้งที่ 2 คราวนี้ท่านได้อยู่จำพรรษาที่ป่าอิสปตนมฤคทายวัน ตำบลสารนาถ แขวงเมืองพาราณสี วันหนึ่งท่านบำเพ็ญเพียรในอิริยาบถ 4 เข้าสมาธิเพ่งดูยอดพระเจดีย์เป็นเวลานาน ครั้งนั้น...วาระจิตหวนรำลึกถึงระคุณของพระเจ้าอโศกมหาราช ผู้ซึ่งอุทิศชีวิตอุปถัมภ์ค้ำชูพระพุทธสาสนา ท่านเพ่งจิตอยู่นาน เกิดแสงสว่างจ้า วูบวาบ ส่องสว่างอาบไปทั่วบริเวณ มองเห็นต้นไม้ใบหญ้า และพระเจดีย์ ภาพนิมิตที่ปรากฎด้านหน้าท่าน คือ พระเจดีย์และพระสถูปที่พระเจ้าอโศกมหาราชทรงสร้างไว้อย่างงดงามอลังการยิ่งนัก แต่อีกไม่นาน พระเจดีย์ก็พลันทรุดโทรม หักพังทะลาย สูญสลาย แล้วคราทีนั้น ท่านก็พลันเห็นพระบรมสารีริกธาตุของพระพุทธเจ้าเสด็จมาส่องแสงประกายปรากฎสีสันวรรณะต่าง ๆ เป็นที่น่าอัศจรรย์" ท่านอาจารย์จึงคิดว่า "เราจักต้องสร้างวัดอโศการามและพระเจดีย์สักแห่งในประเทศไทย เพื่อบรรจุพระบรมสารีริกธาตุและเพื่อเป็นอนุสรณ์สถานแก่พระเจ้าอโศกมหาราช ผู้มีคุณูปการต่อพระบวรพุทธศาสนาอย่างหาที่สุดมิได้"